Flussvertiefungen stellen generell einen massiven Eingriff in das Ökosystem dar.
Eine Vertiefung führt beispielsweise zu größeren Kräften an der Flusssohle, die zu stärkerer Erosion führen können. Somit wird das durch den Eingriff ohnehin gestörte Gleichgewicht zwischen Flussbett und Strömung weiter verzerrt. An dieses Gleichgewicht geknüpft sind jedoch die Lebensräume für die im Flusssystem lebenden Arten.